Jaak Aaviksoo on üks viimaste aastakümnete mõjukamaid Eesti ülikooli- ja kõrgharidusjuhte. Visionääri, reformaatori ja õpetlasena on ta alati olnud oma ajast ees ning andnud suuna Tartu Ülikooli ja kogu Eesti kõrgharidus- ja teadussüsteemi arengule.
Tema teadustöö sai alguse teaduste akadeemia füüsika instituudis ja jätkus tema enda alma mater’is – Tartu Ülikoolis – optika ja spektroskoopia professorina. Jaak Aaviksoo rahvusvaheliselt lai haare viis ta tööle külalisprofessori ja teadlasena mitmesse muusse ülikooli ning teadusasutusse näiteks Saksamaal, Jaapanis ja Prantsusmaal.
Pärast Eesti iseseisvuse taastamist on Jaak Aaviksoo olnud rahvusvaheliselt mõjukaim ja silmapaistvaim Tartu Ülikooli rektor, keda kolleegid välisülikoolidest tänini mäletavad ja kelle sõnavõtte imetlusega meenutavad. Tema juhtimisel viis Tartu Ülikool ellu olulisi muudatusi ja asus taastama oma positsiooni rahvusvahelises akadeemilises ruumis. Aaviksoo jõuline eestvedamine andis ülikoolile strateegilise kindluse ja vaimse hoo. Tema rektoriaega jäävad muu hulgas tähistama kindlale alusele rajatud eelarvekorraldus, õppekavareform üleminekuks Bologna raamistikule, lävendipõhise vastuvõtu juurutamine ning ettevalmistused ülikooli struktuurireformiks, mille eesmärk oli ületada teaduskondade ja erialade vahelised tõkked ning luua suuremaid konkurentsivõimelisi teadustöörühmi.
Eri aegadel Eesti Vabariigi valitsuse liikmena tegutsedes on Aaviksoo aidanud arendada järjekindlalt Eesti teaduse ja kõrghariduse süsteemi, algatades Eesti Teaduste Akadeemia instituutide ühendamise ülikoolidega ning seistes jõuliselt poliitika teaduspõhiseks muutmise eest.
Jaak Aaviksoos on ühendatud teadlase täpsus, õpetlase avarus ja juhi kaugeleulatuv visioon. Tema tegevus on kujundanud Tartu Ülikooli tänast ja homset nägu.