Tartu Ülikooli kõrgeim otsustuskogu on ülikooli nõukogu, kes vastutab ülikooli majandustegevuse ja pikaajalise arengu eest. Ülikooli akadeemiline otsustuskogu on senat, kes vastutab ülikooli õppe- ning teadus- ja arendustegevuse eest.
Ülikooli igapäevast tegevust juhib rektor. Tegevusvaldkondade juhtimiseks nimetab rektor ametisse prorektorid ja vastutusalade juhid, kes moodustavad koos valdkondade dekaanidega rektoraadi.
2018. aastast on Tartu Ülikooli rektor professor Toomas Asser.
Ülikooli akadeemilise struktuuri moodustavad instituudid ja kolledžid, mis koonduvad humanitaarteaduste ja kunstide, sotsiaalteaduste, meditsiiniteaduste ning loodus- ja täppisteaduste valdkonda, ning valdkonnavälised ülikooli asutused. Ülikooli tugiüksuste hulka kuulub 15 osakonda.