Tartu Ülikooli kõrgeim otsustuskogu on ülikooli nõukogu, kes vastutab ülikooli majandustegevuse ja pikaajalise arengu eest. Muu hulgas kinnitab nõukogu ülikooli põhikirja ning võtab vastu ülikooli arengukava ja eelarve.
Nõukogu koosseisu kuulub 11 liiget, kellest viis nimetab senat, ühe Eesti Teaduste Akadeemia isikute hulgast, kes ei ole Tartu ülikooli töötajad, ning viis haridus- ja teadusminister (kaasates kandidaatide esitamisse avalikkust ning lähtudes sellest, et nõukogu koosseisust enamuse moodustaksid isikud, kes ei ole ülikooli töötajad).
Senat on ülikooli akadeemiline otsustuskogu, kes vastutab ülikooli õppe- ning teadus- ja arendustegevuse eest ning tagab selle kvaliteedi. Muu hulgas võtab senat vastu ülikooli põhikirja ja esitab selle nõukogule kinnitamiseks. Senatil on ühekordne vetoõigus nõukogu otsuse suhtes ülikooli eelarve vastuvõtmisel.
Senati koosseisu kuuluvad rektor senati esimehena ja kuni 21 liiget. Ülikooli õppejõud ja teadustöötajad valivad igast ülikooli valdkonnast senatisse neli esindajat. Üliõpilased moodustavad senati koosseisust vähemalt 1/5. Üliõpilaste esindajad valib Tartu Ülikooli üliõpilasesindus.
Rektor juhib ülikooli igapäevast tegevust, vastutab rahaliste vahendite õiguspärase ja otstarbeka kasutamise eest ning teostab oma pädevuse piires ning nõukogu ja senati otsuste alusel kõrgeimat haldus- ja distsiplinaarvõimu. Muu hulgas esindab rektor ülikooli ja teeb ülikooli nimel tehinguid seaduse ja ülikooli põhikirjaga antud volituste ulatuses. Rektoril on ühekordne vetoõigus senati määruse või otsuse suhtes. Ülikooli rektori valib viieks aastaks valimiskogu.
Tegevusvaldkondade juhtimiseks nimetab rektor ametisse prorektorid ja vastutusalade juhid, kes moodustavad koos valdkondade dekaanidega rektoraadi.
Ülikooli akadeemilise struktuuri moodustavad instituudid ja kolledžid, mis koonduvad humanitaarteaduste ja kunstide, sotsiaalteaduste, meditsiiniteaduste ning loodus- ja täppisteaduste valdkonda, ning valdkonnavälised ülikooli asutused. Iga valdkonna tegevust juhib dekaan ja koordineerib valdkonna nõukogu. Selle koosseisu kuuluvad dekaan ning valdkonda kuuluvate instituutide juhid ja kolledžite direktorid. Lisaks kuulub valdkonna nõukokku viis üliõpilast ja kolm nõukogu enda nimetatud liiget. Ülejäänud kohtadele valivad oma esindajad valdkonna akadeemilised töötajad.
Valdkonna nõukogude koosseisud
Lisaks ülikooli nõukogule, senatile ja rektorile tegutsevad ülikoolis instituutide, kolledžite ja asutuste põhikirjade ning muude õigusaktide alusel juhtorganitena veel: