Nurlan Kerimov kaitseb doktoritööd „Building a catalogue of molecular quantitative trait loci to interpret complex trait associations“

13. novembril kell 14:15 kaitseb Nurlan Kerimov informaatika erialal doktoritööd „Building a catalogue of molecular quantitative trait loci to interpret complex trait associations“ („Komplekstunnuste geneetiliste seoste tõlgendamine molekulaarsete kvantitatiivse tunnuse lookuste andmebaasi abil“).

Juhendaja:
lektor Kaur Alasoo, Tartu Ülikool.

Oponendid:
Prof. Gregory C. Gibson, Georgia Institute of Technology (Ameerika Ühendriigid);
Dr. Emma Davenport, Wellcome Sanger Institute (Ühendkuningriik).

Kokkuvõte
Kujutage ette, et olete ruumis, kus on üks laelamp ja sein, mida kaunistavad 100 salapärast lülitit. Nende juhtmed on peidetud ja nende eesmärk jääb mõistatuseks. Otsustate katsetada ja erinevaid lüliteid sisse-välja lülitades süttib järsku lamp. Edasisel erinevate kombinatsioonide katsetamisel märkate lambi heleduse muutumist. Mõne kombinatsiooni puhul põleb lamp eredalt, teiste puhul aga valgustab ruumi hämaralt. Peale mõningast nokitsemist hakkad aru saama, millised lülitite kombinatsioonid lambi heledust kõige enam mõjutavad. Kuid teie lõppeesmärk on lambi heledust täpselt oma äranägemise järgi juhtida. Tundub, et lülitid ise ei tekita elektrivooli. Pigem peavad nad käivitama nähtamatud elektrigeneraatorid. Mõistatus seisneb nüüd konkreetsete lülitite ja konkreetsete generaatorite vaheliste ühenduste väljaselgitamises, mis võimaldavad lambil põleda.

Selle metafooriga püüdsin anda lihtsustatud ettekujutuse kvantitatiivse tunnuse lookuste ehk QTL analüüsist. Siin tähistavad lülitid geneetilisi variante, lamp sümboliseerib mõnda inimese mõõdetavat tunnust või haigust, generaatorid tähistavad geene ja ruum tähistab konkreetset rakutüüpi. Selles metafooris tähistab iga QTL konkreetse lüliti mõju ühele või enamale generaatorile. Kuid keerukus ületab kaugelt vaid 100 lülitit. Tegelikult on meil tegemist miljonitega. Ja kuigi lülitid (geneetilised variandid) on igas erinevas ruumis (rakutüüp) identsed, erineb lüliteid generaatoritega (geenidega) ühendav juhtmestike plaan ruumiti oluliselt.

Käesolevad doktoritöös olen ma koostöös paljude partneritega loonud ulatusliku QTL-ide andmebaasi, mis hõlmab 127 erinevat inimese rakutüüpi ja kude. Lisaks oleme välja töötanud tööriistad nende QTL-ide paremaks tõlgendamiseks ja visualiseerimiseks. See andmebaas - eQTL Catalogue - on näidanud oma väärtust mitmetes teadusprojektides, parandades meie arusaamist inimese haiguste ja muude tunnuste geneetilistest alustest. Muuhulgas võimaldab meie andmebaasi hästi läbimõeldud ja säilenõtke taristu uute uurimismeetodite ilmnemisel kiiresti algandmeid uuesti analüüsida ja seeläbi kiiresti arenevas genoomiuuringute valdkonnas ajaga kaasas käia.